二本院校和三本院校区别主要体现在学校性质、获得财政资助方式、社会认可度、学费等方面。就学校性质来说，二本院校是省属或者普通公办院校，三本院校是独立学院和民办高校。二本院校是公办高校，能获得国家财政资助，三本院校无法享受此福利。二本院校认可度比三本院校高，学费也比三本院校低。
1、学校性质
二本一般是是省属本科院校和普通公办本科院校，三本高校一般为独立学院和民办高校。普通二本大学大多为省属大学或者非“211工程”大学，二者在师资、硬件等方面还是有一定差距的。第三批本科即三本，高考中本科按录取批次划分为三个批次，一本为第一批次、二本为第二批次、三本为第三批次，每年三本线有考生总成绩而有所不同。
2、获得财政资助方式
二本高校大都是公办高校，只要是公办高校就可以获得财政资助，因此学费相对便宜;但是三本院校都是独立学院和民办高校，都不能够获得财政资助，因此学费比较昂贵。“三本”本科高校包括：独立学院、民办普通本科高校、合作办学本科高校，独立学院是公、民合办，民企出资，属于民办范畴，民办普通本科高校是私办、私人出资，合作办学本科高校属于民办范畴。
3、社会认可度
二本高校由于以公办高校居多，因此社会认可度高，综合实力通常低于在高考进行本科一批录取的院校;三本高校由于以民办性质为主，因此社会认可度不高。
4、学费
二本院校学费比较低，三本院校的学费较高，考生需要修完四年的课程，完成课程学习，达到学校的要求后，就可以顺利毕业，取得毕业证和学位证，它们都是独立学院的证书，加盖的是独立学院印章。
无论是二本还是三本，毕业后都属于本科学历，能参加考研、考公务员和事业单位，但是不少单位在招人的时候，会有所限制，现在很多省都已经将2本与3本合并了，2本和3本的毕业生在毕业证书、毕业待遇、考研究生、考公务员等方面都一样。
