经济困难
留守学生家长在当地普遍没有稳定的工作，选择外出打工，经济困难是留守学生心理问题的主要原因之一。数据显示，大部分留守学生家长的教育支出明显低于社会平均水平，这很可能导致孩子与同学互动时出现心理问题。部分学生家庭条件富裕，与留守学生家庭贫富差距较大。另外，如果没有学校和家长对财富观念的正确引导，很容易导致孩子心理失衡，逐渐从最初的自卑变成嫉妒的心理。同时，随着国家教育投入的加大，乡镇学校的教学硬件设施有所改善，但也存在基础设施较差的学校。这些好学校相对优越的学习条件，会进一步激发农村中学留守学生的心理，使他们自卑，甚至自我封闭，不愿与人交流。
缺乏父母陪伴和正确引导
父母的陪伴固然重要，但西部农村留守学生的父母常年外出打工，子女缺乏应有的陪伴和家庭教育，逐渐导致心理问题。留守学生通常与祖父母住在一起，虽然他们的祖父母可以在一定程度上照顾孩子的生活，但他们的教育水平不高，在家庭教育上是空白的，他们无法正确地教导孩子的行为。孩子心里的心理问题，祖父母很难察觉，时间一长，孩子的心理问题会越来越严重。家庭教育是教育孩子的重要组成部分。当这个环节缺失时，会给学校教育带来很大的压力，是当前亟待解决的问题。
认知偏差
初中生开始进入青春期，这是他们内心最敏感的阶段，对于一些事情，往往会有千千万万的想法。当留守学生看到其他孩子经常有父母在身边时，他们对生活现状缺乏正确的认识，开始感受到自己与周围同龄人在物质生活和家庭环境上的显著差异。这种心理如果不及时消除，就会逐渐从自卑变成嫉妒怨恨，无法正常与同学交流，有的甚至会伤害同学，从而陷入孤独痛苦的心理状态。
